Realizzata nel 1568 da Pankrác Roder in stile tardorinascimentale, la sinagoga è detta 'alta' per l'originaria collocazione al primo piano dell'edificio attiguo al municipio. La sua costruzione, come quella del municipio, fu finanziata dal sindaco Mordechaj Markus Maisel; inizialmente costituita da una semplice sala a pianta quadrata, soltanto nel XIX secolo fu dotata di un accesso autonomo. Oggi è una delle sei sedi del museo Statale Ebraico ed espone soprattutto praramenti sacri provenienti dalle diverse sinagoghe del Paese.
All'inizio degli anni Ottanta fu fondata da Zdenék Rossmann un'esposizione permanente con oggetti provenienti da tutta la Repubblica Ceca e dai Paesi limitrofi. Il museo custodisce oggetti di uso domestico, tende e drappi e una pregevole collezione di oltre 1500 rotoli della Torah, la Legge ebraica costituita dai primi cinque libri della Bibbia (Pentateuco): un tempo il rotolo era preparato a mano in occasione della nascita di un figlio maschio che al compimento della maggiore età (tredici anni) lo avrebbe svolto e letto in pubblico alla sinagoga.