Le collezioni del museo, rimasto sotto l'amministrazione dello stato dal 1950 al 1994, sono costituite da circa 200.000 oggetti distribuiti in sei luoghi storici: la sinagoga Maisel, la sinagoga Spagnola, la sinagoga Pinkas, la sinagoga Klaus, il vecchio cimitero ebraico e la Casa delle cerimonie. In precedenza esisteva invece un unico museo Ebraico, il più grande del genere in Europa, che fu realizzato nel 1906.
La maggior parte dei pezzi oggi esposti al pubblico fu raccolta in epoca nazista a partire dal 1939, quando Hitler invase la Boemia e decise di istituire un museo Etnografico della razza ebraica estinta utilizzando il materiale storico a disposizione e quello razziato nei quartieri dei deportati. Gli altri oggetti oggi in visione al pubblico provengono da sinagoghe boeme o moldave e sono stati riuniti nel museo dalla comunità ebraica cittadina. All'interno della sala delle Cerimonia sono esposti i disegni dei bambini ebraici rinchiusi all'interno del campo di concentramento di Theresienstadt.